천 년 전, '불의 7일간'으로 불리는 전쟁이 끝난 후 지구는 황폐한 죽음의 행성으로 변했다. 점점 커지는 곰팡이의 숲 '부해(腐海)'가 유독가스를 내뿜어 사람이 살 수 있는 땅도 얼마 남지 않았다. 자연과 대화를 나눌 수 있는 특별한 소녀 나우시카는 그 중 깨끗한 바람계곡에서 살고 있지만 부해는 이 곳 마저 먹어 치울 듯 가깝게 다가 온다.

그러나 바람계곡의 비극은 인간들의 다툼에서 먼저 시작된다. 군사제국 토르메키아가 '불의 7일간'을 초래했던 병기 '거신병'을 부활시키려는 계획을 시작했기 때문이다. 바람계곡은 분쟁에 휘말리고 나우시카는 토르메키아와 맞서는 도시 국가 페지테의 인질이 된다. 그 와중에 나우시카는 부해가 지구를 정화하고 있었다는 사실을 깨닫고 사람들에게 진실을 알리려 하지만...